L'organe délibérant du SYSEM est le Comité Syndical.
Il est composé de 23 délégués titulaires et 23 délégués suppléants.
Toutes les intercommunalités membres du SYSEM y sont représentées.
Le nombre de représentants d'un territoire est calculé en fonction de son nombre d'habitants.
Le Bureau Syndical est composé du président du SYSEM, accompagné de 6 Vice-Présidents.
Président
Vice-président délégué au transport et traitement des ordures ménagères résiduelles
Vice-président délégué à la communication
Vice-président délégué aux filières de valorisation des déchets végétaux
Vice-président délégué à la commande publique
Vice-président délégué à l'Ecosite de la Lande du Matz
Vice-président délégué au transport, tri et valorisation des déchets ménagers recyclables