L'organe délibérant du SYSEM est le Comité Syndical.
Il est composé de 23 délégués titulaires et 23 délégués suppléants.
Toutes les intercommunalités membres du SYSEM y sont représentées.
Le nombre de représentants d'un territoire est calculé en fonction de son nombre d'habitants.
Le Bureau Syndical est composé du président du SYSEM, accompagné de 6 Vice-Présidents.
Président
1er Vice-Président
2e Vice-Président
3e Vice-Président
4e Vice-Président
5e Vice-Président
6e Vice-Président